Pada bulan Maret 2003, Han Geng yang baru berusia 19 tahun pergi ke Korea Selatan untuk bergabung dengan SM Entertainment sebagai trainee. Pada November 2005, SM Entertainment meluncurkan grup Super Junior, yang melayani pasar hiburan Asia. Grup ini menarik banyak perhatian sejak awal dan dengan cepat mendapatkan popularitas dalam waktu yang sangat singkat. Han Geng adalah satu-satunya anggota grup Tiongkok dan juga orang Tionghoa pertama yang secara resmi debut di Korea Selatan. Untuk itu, dia menjadi sorotan grup. Pada tanggal 19 Maret 2008, Han Geng terpilih sebagai pembawa obor untuk Olimpiade Beijing dan dia meminjamkan suaranya untuk lagu-lagu Olimpiade "Popularity Across the Globe" dan "Beijing Welcomes You." Selain itu, dia berpartisipasi dalam syuting video musik "Beijing Welcomes You." Dia juga menghadiri acara-acara besar seperti hitungan mundur 200 hari dan 100 hari menuju Olimpiade. Pada 7 Agustus, dia menyelesaikan misinya sebagai salah satu dari 240 pembawa obor di Beijing. Pada tanggal 8 April, Han Geng secara resmi memulai debutnya di Tiongkok dengan SJ-M dan merilis album Tiongkok pertama mereka "Me" pada tanggal 20. Dia membawa SJ-M di beberapa variety show besar dan melakukan banyak pertunjukan. Pada bulan Januari 2009, drama pertama Han Geng sebagai pemeran utama, "Stage of Youth," ditayangkan di beberapa stasiun TV besar. Di awal tahun, Super Junior menggelar konser di Seoul, Korea, serta Nanjing dan Chengdu di Tiongkok. Pada bulan Maret, Super Junior merilis album ketiga mereka dan memulai serangkaian acara promosi. Pada tanggal 1 Mei, Super Junior berpartisipasi dalam konser "Jackie Chan and Friends" di Stadion Nasional Beijing. Pada tanggal 14 September, SJ-M merilis album kedua mereka dan video musik "Super Girl". Setelah itu, Han Geng memimpin anggotanya ke Tiongkok Daratan dan Taiwan untuk menghadiri beberapa acara promosi. Pada 21 Desember, Han Geng secara resmi mengajukan permintaan ke Pengadilan Distrik Pusat Seoul untuk mengakhiri kontraknya dengan SM Entertainment.